• Laboratórium analýz biomasy pre bioenergetiku
• Laboratórium bioenergetických zdrojov
• Laboratórium inovatívnych technológií v rastlinnej produkcii
• Laboratórium fyzikálnych vlastností surovín a potravín

Oddelenie biosystémového inžinierstva sa zaoberá širokým spektrom činností zameraných predovšetkým  na štúdium možností využívania rastlinnej biomasy pre výrobu peliet a brikiet, hodnotenie kvalitatívnych parametrov vstupnej suroviny na výrobu tuhých biopalív, hodnotenie technologických parametrov výroby tuhých biopalív na báze biomasy, hodnotenie fyzikálno-mechanických vlastností získaných produktov, na návrh zostáv strojových liniek na výrobu tuhých biopalív, hodnotenie environmentálnych aspektov využívania biomasy na energetické účely, na výskum v oblasti biopalív, biomazív a bioenergetiky, ale aj na realizáciu experimentov v oblasti hodnotenia energetických a ekologických vlastností ekologických nositeľov energie.

Špecializované Laboratórium inovatívnych technológií v rastlinnej produkcii sa opiera o poznatky z analyzovania údajov a ich spracovania do informačných máp v prostredí Geografického informačného systému a tiež z budovania databázy dlhodobo sledovaných ukazovateľov viazaných na konkrétne geografické lokality.

Laboratórium fyzikálnych vlastností surovín a potravín sa špecializuje na meranie vplyvu tepelného stresu v procese sušenia na makro/mikro poškodenie zrna, skúmanie teplotného správania materiálov, na skúmanie závislostí fyzikálnych vlastností od teploty a na skúmanie meteorologických a pevnostných vlastností materiálov  na meranie čistoty zrnín, triedenie zrnitých materiálov a na určenie vplyvu fyzikálno-mechanických vlastností na kvalitu mlátenia.

Poznatky sú priamo využiteľné v poľnohospodárskej výrobe, pri výskumnej a vývojovej práci a pri riadení poľnohospodárskej techniky. Výstupy možno využívať formou spracovania Metodiky zavedenia systému presného poľnohospodárstva, prípadne formou poradenstva k jednotlivým problémovým okruhom.